综合管理办公室:负责招标管理、合同管理、建设计划、投资计划、法律事务、文件档案和工程档案管理、信息管理、人事工作以及日常行政管理等工作,负责相关数据收集、记录、积累和分析。

规划技术办公室:负责修编校园规划,编制基建规划;负责项目开工前报批和设计管理;参与基建项目开工后变更签证审定;参与大修规划制定和技术管理;参与相关招标和合同谈判、签订工作。

工程管理办公室:负责基建项目施工阶段管理和竣工手续;协调和督促相关部门做好前期资料的整理与归档等;负责基建项目竣工结算的审价、审计工作;参与相关招标和合同谈判、签订工作。

修缮管理办公室:负责编制修缮规划;负责日常修缮(一万元以上)管理和大型修缮项目管理;负责修缮项目竣工结算的审价、审计工作;参与相关招标和合同谈判、签订工作。

张江基建办公室:2019年11月设立,待张江复旦国际创新中心规划与建设任务完成后撤销。负责张江复旦国际创新中心建设相关工作。